Seis meses após os eventos do mangá original de Yu-Gi-Oh!, Yugi Muto e seus amigos estão no último ano do ensino médio e conversam sobre seus planos para o futuro. Embora Yugi ainda sinta que perdeu uma parte de si mesmo, ele se conformou com a partida do Faraó, mas Seto Kaiba não está disposto a deixar o passado para trás e encomenda uma escavação para recuperar o Enigma do Milênio, item que já havia abrigado a alma de seu rival, que ele espera reviver para acertar as contas. No entanto, a escavação é interrompida por um misterioso estranho chamado Aigami, que detém o poder sobre as dimensões.